《自然》重磅:张锋团队再次改变世界!基于细菌注射系统发明全新蛋白定向递送系统,生物学研究再添强大工具

周四了!让我们整点小小的《自然》震撼吧!

今日,CRISPR大牛张锋团队在《自然》杂志发表新成果,研究者们从微生物取材,制造出了全新的蛋白递送系统。该系统形似“注射器”,可以通过改变结合基团以接近100%的效率靶向特定细胞,递送Cas9蛋白等基因编辑组件或生物毒素,以实现基因编辑、调控特定生理过程乃至杀死癌细胞等目的

从目前的实验细节来看,该系统不仅效率奇高、灵活多变,且免疫原性和生物毒性很低、代谢也非常快,实在是具有了一个好工具的多项优良品质

感觉继CRISPR之后,生物学研究的工具箱又要大升级了!

就是这回咋没给取个酷炫的名字啊,SHERLOCK啥的

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论文题图

类似CRISPR,这次的新蛋白递送系统也取材于大自然,原型说起来还真有点震撼呢。

细胞和细胞之间想要传递信息,除了直接“贴贴”,就是分泌调节因子。但这些因子很多时候不能轻松穿透细胞膜,为了克服这个困难,很多“奇怪”玩意儿就出现了。其中之一就是来自细菌的细胞外可收缩注射系统(eCIS)

这个东西长得和噬菌体有点像,动作颇像注射器,识别到靶细胞后刺突蛋白穿透细胞膜,随后上端的鞘状结构收缩将内容物“挤”进细胞内。

细想它就只是个蛋白啊,生物真是怪神奇的。

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eCIS工作流程

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噬菌体向宿主细胞内注射DNA丨图源wiki

eCIS广泛分布在细菌和古细菌中,已经被验证到的功能非常丰富,近期还有研究发现它能够靶向小鼠细胞。

脑子灵活的科学家已经想到了,这东西,可以利用!

那么我们先来搞搞清楚它的结构吧。张锋团队选择的目标是来自发光杆菌(Photorhabdus)属的一种线虫共生菌,将它的eCIS命名为Photorhabdus virulence cassette(PVC)。

PVC本体基因不足20kb,含16个关键基因,这些基因哪个编码哪部分结构可以看下图↓,下游基因编码内容物,在原装PVC中就是用于杀死线虫细胞的生物毒素Pdp1和Pnf。

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PVC基因

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显微镜下的PVC颗粒,长116nm

那么PVC是如何识别靶细胞的呢?参考噬菌体的结构,研究者猜测应当是尾纤维,也就是pvc13编码的部分承担了识路任务。

用AlhpaFold推测了一下Pvc13的结构,研究者发现在它的C端形成了一个螺旋管,尖端的球状结构域就是结合靶细胞的关键结构。改变这个部分,我们就能操纵PVC去任何我们想去的地方了。

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Pvc13结构

为了测试这一点,研究者设计了两个不同的结合基团,一个改造自人类腺病毒5(Ad5)的纤维旋钮(Knob),一个是可以靶向特定受体的设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)。

内容物则是选择了CRISPR常用的SpCas9和另一种基因编辑技术元件锌指蛋白(ZFD),以及原装的生物毒素Pdp1/Pnf。

结果真是相当令人吃惊,在A549人类肺腺癌细胞(可被Ad5识别且过表达EGFR可被针对EGFR的DARPin识别)中,改装PVC的效率相当高,几乎不会误识别其他非靶细胞,无论基因编辑还是细胞杀伤都完成得相当不错。

值得注意的是,Cas9蛋白大小约170kDa,而原装的Pdp1/Pnf仅有37kDa,PVC还是很“能装”的。

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Cas9/锌指蛋白/针对CD4+T的特异性杀伤

实际上,研究者们在HEK 293FT细胞中针对一组非天然表位进行了测试,结果就是PVC的特异性真的是相当不错。

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针对不同表位,PVC特异性都很高

最后一步,PVC的体内效果如何?

研究者再次利用AlphaFold模拟Pvc13变体,筛选出了能够靶向小鼠细胞的新结构域,令其携带Cre报告系统,并注射到红色荧光报告基因小鼠脑内海马体。

实验结果显示,小鼠海马体中出现了红色荧光,证明PVC在体内也具有活性。而且分离小鼠脑细胞后,研究者发现,荧光信号富集于神经元中,说明实现了对神经元细胞的靶向。

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在小鼠海马体中观察到荧光信号

此外,小鼠未表现出任何免疫细胞活化、未产生炎性细胞因子,小鼠体重未减轻。注射7天后,小鼠脑内无法检测到PVC。

安全、有效、代谢快!

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如此简洁有力的工具让人思路迸发,实验中已经展示了PVC在基因编辑和对特定受体细胞(EGFR/CD4)杀伤上的使用,通过改变结构域和内容物的搭配,我们还能够实现对更多生物过程的精准调控。

而且这还只是一个PVC呢,其他细菌也有自己的eCIS,它们会不会还有其他我们没发现的有趣之处呢?真是太令人期待啦!

参考资料:

[1]Kreitz, J., Friedrich, M.J., Guru, A. et al. Programmable protein delivery with a bacterial contractile injection system. Nature (2023). https://doi.org/10.1038/s41586-023-05870-7

[2]Mix-and-match tools for protein injection into cells (nature.com)

文章来源:奇点网

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