在自然科学和医学领域,一套严谨标准的实验流程介绍(protocol)对于实验结果的可重复性和可靠性至关重要。对初入实验室的师弟师妹来说,接触最多的就是实验室传承多年的protocol,这类protocol通常是实验室常用的、并经过千锤百炼验证的实验技术方法,但这些方法往往实验步骤粗糙,试剂配制方法简略,至于实验细节,不要问,问就是 “传下来就这样,能用就行”。另外,如果导师心血来潮要引入新的实验技术或者手段,那么就要查找新的protocol,此时便需要查阅大量文献资料,求助各大生物医学论坛,跪求“谷哥”和“度娘”赐你神力,耗时耗力不说,得到的还不一定是真的。即使得到真的protocol,还需更加耗时耗力的进行各种优化,最终仍旧得到一堆错误的实验结果,劳心伤神。那么,有没有一些工具可以解决这些科研痛点呢?答案当然是:有。
本期,小编为大家分享几个能够方便快捷搜索实验protocol的网站,能够让你获得专业、靠谱、严谨、细致的protocol,在师兄师姐无法解释实验细节时,骄傲的说“我会”;在导师需要引入实验技术和手段时,自信的说“我来”。如此,何愁实验不快,文章不多,导师不爱。
01
Bio-protocol
为了解决传统研究文章方法简短以及信息不全而导致实验复现性差的问题,来自斯坦福大学的一线科研工作者于2011年创办Bio-Protocol在线期刊,着力于遴选和发表经同行评议的实验方案,致力于打造一个能够分享高质量实验方案的开放平台,提高科研实验的可重复性。目前bio-protocol已经涵盖生物化学、生理学、癌症生物学、细胞生物学、发育生物学以及分子生物学等多数生物学科。
对于该网站,大家直接搜索感兴趣的方法关键词即可,并且提供全文链接和PDF下载。最最最重要的是,该网站支持中文检索,对初入科研门径的人员非常友好。
网址:https://cn.bio-protocol.org/en
02
JOVE
JOVE创刊于2006年,是全球收个也是唯一经过同行评议的科学视频期刊,主要以视频方式展现生物化学、生物物理学、病理学、发育生物学以及医学等学科的研究成果。目前已发表多个领域的超过17000个实验方法视频,并且每年制造超过1000个新视频,致力于将简短实验的复杂细节变得生动有趣,使人们能够高效学习和复制新的研究方法和技术。该网站支持视频观看和PDF文件下载。
网址:https://www.jove.com/cn/
03
Protocols.io
方法学网站Protocol Exchange已经将所有协议转移至该网站,是一个免费的开放平台,主要用于存储共享科学研究协议,协议由作者直接发布在网站上,并免费提供给科学研究使用和评论,允许研究人员对特定实验步骤进行评论,便于科研人员识别和跟踪需要澄清或更新的实验步骤。
网址:Bring structure to your research – protocols.io
04
Morimoto laboratory
该网站是美国西北大学Morimoto实验室创建的分享平台,该实验室除了借助此平台展示实验室的成就外,还分享了许多经过检验的实验方法和技术工具,主要涉及细胞生物学领域的实验技术工具,例如转录分析、蛋白生化实验、DNA技术以及RNA技术等。
网址:Protocols | Northwestern University | MorimotoLab.org | Evanston, IL USA
05
Springer Nature Experiments
该网站是Springer旗下为了专门负责收集和发表实验方案的数据库,收集包括Nature Protocol、Nature Reviews Methods Primers、Nature Methods以及Springer Protocol等期刊的实验方法和技术方案,涉及分子生物学、生物化学、医学以及遗传学等多个领域。目前已经包含了近7000个可重复的protocols。该网站收录的实验方案大多带有详细的实验所需仪器设备型号、实验试剂货号、实验材料用量以及实验步骤以及操作方法等。
网址:https://experiments.springernature.com/?locale=zh_CN
06
Current Protocols
Current Protocols又被称为《实验室指南》,并已经成为全球最佳的实验室指南。编辑委员会由生命科学研究领域的杰出科学家组成,首先由具有科研背景的人员进行编辑,并经由编委会成员对内容进行精心挑选与评审,目的是对给定科学主题领域相关的所有方案提供最清晰、最详细和最可靠的操作说明。目前Current Protocols已经收录超过25000种实验技术和流程介绍,涉及分子生物学、生物化学、医学、生理学等领域,包含实验所需的所有信息(包括实验简介、材料清单和货号、详细的实验步骤和注释、试剂和溶液的配方、说明性图标和信息表格等),并且每篇文章都提供了关于数据分析和解释、背景信息、方法应用、重要假设、关键参数、时间因素以及帮助避免常见陷阱和排除实验故障的提示和问题讨论等。
网址:https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/
07
STAR Protocols
该杂志是Cell Press在2019年推出的全新子刊,目的是为了通过关注可用和可重复使用的Protocols。目前主要涉及生物学、医学、物质科学等领域,包含超过2000多份实验和计算方法,并详细介绍了实验所需仪器设备型号、实验耗材货号、试剂配制方法、材料清单用量以及分步实验步骤等。此外,该杂志将研究使用的关键资源、动物模型、生物软件以及试剂耗材清单等汇总成“关键资源表”,从而便于其他研究者使用和借鉴。
网址:https://www.cell.com/star-protocols/home
综上,就是本期小编为大家介绍的几个能够快速查找实验protocol的网站。
具体如何使用,本文便以最常用的bio-protocol为例给大家演示。
首先,打开Bio-protocol网站主页,可以看到网站为外文网站。(如果想要改为中文,则可以点击右上角,进行语言选择)
随后,在搜索框输入想要检索的实验技术关键词,例如“CRISPR/Cas9”,点击搜索,出现与“CRISPR/Cas9”技术相关的方法学文章。
随后,我们选取感兴趣的文章,如“CRISPR/Cas9-mediated LRP10 Knockout in HuTu-80 and HEK 293T Cell Lines”,查看利用CRISPR/Cas9构建基因敲除细胞系的方法。我们点开这篇文章,便可查看该文章使用试剂耗材货号,仪器设备型号、分析软件版本、详细实验流程、试剂配方等信息。
至此,便可通过该篇文章了解利用CRISPR/Cas9技术在细胞系中进行基因敲除的详细protocol,借鉴到自己的项目之中。
至于其它的生物学方法网站的使用方法大同小异,大家就自己摸索吧。本期的介绍就到这里,大家如果有其它好用的网站或者对网站的使用有疑问或者不解,欢迎在评论区多多交流!