代谢组学是以生物体内所有代谢产物为研究对象,定性定量研究代谢物与机体生理、病理变化之间的关系,系统地研究生命体中所有代谢产物变化规律的学科。代谢组学检测包括非靶向代谢组、靶向代谢组、广靶代谢组和脂质组等。其中,非靶向代谢组是常用的代谢组学研究手段,非靶向代谢组是指采用LC-MS或GC-MS技术检测生物样本中的所有小分子化合物,并通过生信分析筛选出在不同组间具有重要生物学意义的显著差异代谢物的技术。
非靶向代谢组学收样标准
非靶向代谢组主要研究对象是各种代谢小分子产物(一般<1000Da),常见的样本类型有以下几大类:血清、血浆、尿液、粪便及肠道内容物、细胞、细菌以及动植物组织等。样本的采集应遵循一致性、代表性、迅速性、全程低温、样本足量的原则,不同的样本类型需依据不同流程进行采集,伯远医学依据我司实验经验,整理了医学常见样本中极具必要的样本寄送要求,详情如下:
1、组织(人/动物常规或肿瘤组织、软骨、硬骨)
样本收集步骤:用无菌组织剪或手术刀准确切取约50mg所需组织,去除附着的其他非必要、非研究组织,用预冷的PBS或生理盐水冲洗干净血液和污染物,液氮速冻,-80°C保存,足量干冰寄送。
注意事项:
①条件允许下,生物学重复取样部位尽量保持一致。
②样本收集应迅速在冰上进行。
2、细胞
(1)贴壁细胞
样本收集步骤:
①吸出细胞培养液,去除培养基,用预冷的PBS溶液快速清洗2~3次后,加入少许PBS溶液,用细胞刮将细胞轻轻刮下,转移到离心管中,4°C,1000g低速离心30s,细胞计数。
②至少取5×106cell/sample细胞悬浮液于2mL离心管中,用4℃预冷的PBS溶液快速清洗2~3次,4°C,1000g低速离心10min,弃去上清,样本于液氮中速冻15min后取出于-80°C保存,足量干冰寄送。
(2)悬浮细胞
样本收集步骤:收集悬浮细胞并计数,至少取5×106cell/sample细胞悬浮液于2mL离心管中,用4℃预冷的PBS溶液快速清洗2~3次,4°C,1000g低速离心10min,弃去上清,样本于液氮中速冻15min后取出于-80°C保存,足量干冰寄送。
3、粪便/肠道内容物
样本收集步骤:无菌收集新鲜粪便或肠道内容物,尽量避免尿液或其他器具造成的污染,分装样本100mg/管,立即用液氮速冻处理,-80°C冻存,干冰寄送。
注意事项:
①人体样本取样时均需尽可能的覆盖到粪便的各个部分(底部、顶部、边缘、中间),以最大化减少样本的取样差异。
②样本收集后,要求对样本混匀后在取样分装,并避免反复冻融,因为粪便/肠道内容物中有非常多微生物,其代谢速度很快,反复冻融会对代谢水平有很大影响。
③提供样本者近3个月内不可接受抗生素治疗,以免造成肠道微生物的菌群改变。
4、血清、血浆
(1)血清
样本收集步骤:用不含抗凝剂的采血管收集好血样后,室温静置30~60min,3000rpm离心10min,吸取上清分装,-80°C保存,足量干冰寄送。
(2)血浆
样本收集步骤:推荐使用含EDTA的采血管采集血样后,立即颠倒混匀,4°C,3000rpm离心10min,吸取上层分装,-80°C保存,足量干冰寄送。
注意事项:
①临床样本取样前3天,要饮食清淡,取样前一天8点以后禁食禁水;动物样本取样前需禁食12h。样本处理过程样本的放置时间、离心时间等尽量保持一致。
②取血时如使用酒精消毒,需擦干擦拭部位,待酒精完全挥发后再取样。
③血清参考产率≈30%~50%,例如1mL全血大约能得0.3~0.5mL血清;血浆参考产率≈50%,例如1mL全血大约能得0.5mL血浆。
④建议尽量多的收集样本并分装冻存,避免反复冻融。
⑤送样前需检查血浆或血清是否有溶血,如果发生溶血,需重新采样(溶血易引起苯丙氨酸、鸟氨酸、柠檬酸、琥铂酸、磷脂以及鞘脂等多种代谢物的改变)。
5、尿液
样本收集步骤:取晨起中段尿(临床)或晨间1h尿(动物),10000rpm,4°C离心10min,吸取上清分装,液氮速冻,-80°C保存,足量干冰寄送。
注意事项:收集尿液的前一天饮食要清淡,若动物1h尿量不够,可分多次收集,若要收取24h尿液,使用带有低温装置的代谢笼收取,及时冻存。
6、脑脊液/淋巴液/羊水/胆汁等体液
样本收集步骤:1000g~2000g,4°C离心10min(或使用0.22µm滤膜过滤),取上清,液氮速冻,-80°C保存。足量干冰寄送。
注意事项:注意控制变量,研究因素尽量保持一致(如收集部位、收集量等)。
7、唾液
样本收集步骤:蒸馏水漱口,可用相应图片刺激唾液分泌,将唾液收集到试管中,持续数分钟,混匀,4℃,3000g离心10min,取上清每管约100µL分装于离心管中,液氮速冻,-80°C保存,足量干冰寄送。
注意事项:
①采样前1~2h不吸烟、不喝酒、不进食,建议上午采样(9:30~11:30)。
②采集唾液样本前30min受试者用纯净水彻底冲洗口腔,休息5min,尽量减少口面部运动。
小医叨叨
此样本寄送要求是基于常见实验方案制定的,且我司仅接收可在BSL-1级别实验室操作的实验材料。由于各研究课题组、医院科室以及实验室的取样条件与实验方案个性化明显,请在准备样本前提前联系我司各区域销售,技术人员将依据具体取样条件与研究目的制定个性化实验方案。