我们经常会在科研过程中遇到各种blot技术,包括Southern blot、Northern blot、Western blot,还有不太常见的Eastern blot等等……对于blot这个大家族,初次看到,是不是已经开始犯迷糊了?其中的这四种blot技术,就像中国的四大名著、四大美女,尤其像是民国的四大家族,根据各自的“管辖范围”分成“南北西东”四个家族。今天我们就来讲讲其中三个,想知道他们都是怎么管理的吗?那就接着往下看吧!
▲各种blot技术(图片源自:Wikipedia)。
其中,最早出现的是Southern blot,也就是“南方家族”,它是检测DNA的一种方法;接着是“北方家族”Northern blot,主要检测RNA;再然后是“西方家族”Western blot,主要检测蛋白质;而另一个“东方家族”Eastern blot应用的很少,属于Western blot的一种变形,用于检测蛋白质上特定的修饰基团或部位。
基本原理:
具有一定同源性的两条核酸单链在一定的条件下,会按照碱基互补配对的原则特异性杂交形成双链。将经过限制性内切酶消化,琼脂糖凝胶电泳分离后的待测DNA样品,使之变性断裂后将其以保持各DNA片段的相对位置不变的情况转移到NC膜、尼龙膜或其他固相支持物上,将固定好的转印膜与加入的标记探针在相对严格的环境中进行杂交,只有二者之间有非常高的同源性时,才会按照碱基互补配对原则进行结合,再经过游离探针洗涤后,用放射自显影或者其它合适的技术进行检测,从而可以检测出特定DNA片段及其相对大小。
操作步骤:
DNA提取—DNA检测—制胶—琼脂糖凝胶电泳—凝胶预处理(DNA变性)—转膜—固定—探针标记—预杂交封闭—杂交—洗膜—压片—放射自显影
基本原理:
与Southern blot一样,Northern blot的原理也是具有一定同源性的两条核酸单链在一定条件下,可按碱基互补配对原则形成双链,该过程具有高度特异性。将提取出的RNA样品用含甲醛的琼脂糖凝胶电泳变性分离后,不同分子质量大小的RNA分布在凝胶上,将其原位转移至固相载体(尼龙膜或硝酸纤维素膜)上,然后用特异性序列的非放射性标记的或放射性标记的探针与固相膜上的RNA进行杂交,通过显影观察条带的位置及强度,即RNA分子的大小和含量。
操作步骤:
RNA提取—制胶—电泳—转膜—固定—探针制备—探针纯化及比活性检测—预杂交—探针变性—杂交—洗膜—曝光—去除膜上探针—显影
基本原理:
Western blot与Southern blot、Northern blot的杂交方法相似,不同的是Western blot用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳,以一抗代表“探针”,标记的二抗代表“显色”,检测蛋白质是否存在、大小和浓度。将经过SDS-PAGE分离的不同质量大小的蛋白质样品,原位转移到固相载体(PVDF膜或NC膜)上,用特异性抗体(一抗和二抗)与固相膜上的蛋白质发生抗原-抗体免疫反应,经过底物显色或显影观察,分析样品蛋白的表达情况。
操作步骤:
蛋白提取—蛋白定量—制胶—加样—SDS-PAGE电泳—转膜—封闭—抗原-抗体杂交(一抗孵育、二抗孵育)—底物显色
表1 三种blot技术的对比
Bhagavan NV. Nucleic Acid Structure and Properties of DNA. Medical Biochemistry, 2002:521-543.
Roy J, Jain N, Singh G, et al. Small RNA Proteome as Disease Biomarker: An Incognito Treasure of Clinical Utility. 2019.